Le microbiote intestinal, c'est l'ensemble des micro-organismes, surtout des bactéries, qui vivent dans votre tube digestif : environ 38 000 milliards, à peu près autant que vos propres cellules. Ce que vous mettez dans l'assiette, notamment la variété des végétaux, avec leurs fibres, et les aliments fermentés, est associé dans les études à un microbiote plus diversifié. Chez Biovie, nous avons bâti cette page sur huit sources scientifiques et publiques, que j'ai relues avec mon regard d'ingénieur ISTOM.
On a longtemps répété que nos bactéries étaient dix fois plus nombreuses que nos cellules. En 2016, trois chercheurs ont eu l'idée toute simple de refaire le calcul, et ils sont tombés sur un rapport proche d'une pour une (Sender et al., 2016).
Rassurez-vous, l'essentiel ne bouge pas. Leur nombre compte moins que ce que vous leur donnez à manger. Et là, c'est votre assiette qui a la main, celle de tous les jours.
Microbiote intestinal : de quoi parle-t-on ?
Définition en quelques mots
Le microbiote intestinal humain est l'ensemble des micro-organismes, surtout des bactéries, qui vivent dans le tube digestif, principalement dans le côlon. Une communauté vivante, qui se nourrit en bonne partie de nos restes : ce que nous ne savons pas digérer nous-mêmes, à commencer par certaines fibres.
Trois mots circulent, et on les mélange volontiers. Le « microbiote », ce sont ces micro-organismes eux-mêmes. La « flore intestinale », c'est son ancien nom, que beaucoup emploient encore. Le « microbiome », lui, désigne plutôt l'ensemble de leurs gènes et de leur milieu de vie.
Combien de bactéries, vraiment ?
Le calcul de 2016 part d'un « homme de référence » de 70 kg. Il aboutit à environ 38 000 milliards de bactéries pour 30 000 milliards de cellules humaines, avec une masse bactérienne totale d'environ 0,2 kg (Sender et al., 2016). Autrement dit, à peu près une bactérie par cellule, et le poids d'une belle pomme, là où l'on parlait encore d'un kilo, celui d'un paquet de sucre.
D'où sortait ce fameux « dix pour un » ? D'une estimation ancienne, recopiée de livre en livre, un peu comme ce rôti dont on coupait les extrémités parce que la marmite de la grand-mère était trop petite. Les auteurs de 2016 sont repartis du volume du côlon et de la densité de bactéries qu'il contient, et le chiffre a fondu.
Ce genre de correction me plaît. Ingénieur ISTOM de formation, j'aime voir un chiffre répété par habitude enfin recalculé, même quand l'histoire y perd un peu de son spectaculaire.
Ce que mangent vos bactéries : fibres et diversité végétale
Les fibres, repas de vos bactéries
Chaque fois que vous passez à table, vous servez aussi une tablée invisible de 38 000 milliards de convives. Eux se contentent de ce que vous ne savez pas digérer. Une partie des fibres arrive dans le côlon sans avoir été digérée, et ce sont les bactéries qui la fermentent.
Les scientifiques ont un mot pour ça. Selon le consensus de l'ISAPP, une association scientifique internationale, un prébiotique est « un substrat utilisé sélectivement par les micro-organismes de l'hôte, qui procure un bénéfice pour la santé » (Gibson et al., 2017). « Sélectivement » est le mot important : c'est un repas réservé à certaines de nos bactéries, pas un buffet ouvert à toutes.
Or des fibres, nous en manquons. D'après l'enquête INCA 3 de l'Anses (2014 à 2015, 3 157 adultes de 18 à 79 ans), les adultes français en mangent en moyenne 20 g par jour, quand l'Anses en recommande 30 g (Anses, 2017). Sur trois parts de fibres attendues, l'assiette moyenne n'en sert que deux.
Dans le cadre d'une alimentation variée et équilibrée et d'un mode de vie sain, ces fibres viennent des légumes, des fruits, des légumineuses trempées puis cuites, des céréales complètes et des graines : le contenu ordinaire d'un panier de marché.
30 végétaux par semaine : ce que dit l'étude
Le projet American Gut a étudié le microbiote de plus de 10 000 participants, de quoi peupler une petite ville (McDonald et al., 2018). Ceux qui mangeaient plus de 30 types de plantes par semaine avaient une diversité bactérienne plus élevée que ceux qui en mangeaient moins de 10. Et voilà un détail qui parle au végan que je suis depuis 1992 : la diversité des végétaux en disait plus long que l'étiquette « végan » ou « omnivore ».
Une précaution de lecture, une seule. Il s'agit d'une étude observationnelle, qui montre une association sans prouver de lien de cause à effet. D'autres habitudes peuvent jouer.
Trente, ça paraît énorme, jusqu'au jour où l'on se met à compter. Le persil compte. La pincée de graines germées aussi, tout comme les lentilles du mardi ou les paillettes d'algues sur les carottes râpées. Mettez une prairie fleurie à côté d'un champ de maïs : laquelle héberge le plus de vie ? C'est juste du bon sens, observer la nature.
Aliments fermentés : ce que montre l'essai de Stanford
Le protocole, en clair
En 2021, une équipe de Stanford a publié dans Cell un essai que je trouve remarquable de clarté (Wastyk et al., 2021). Trente-six adultes en bonne santé ont été tirés au sort entre deux régimes de 10 semaines, l'un riche en aliments fermentés, l'autre riche en fibres. Dans le premier groupe, les participants sont montés jusqu'à environ 6 portions de fermentés par jour, avec des aliments comme la choucroute ou le kombucha. Six portions ! C'est du fermenté à chaque repas, et encore un peu entre deux.
Pourquoi tirer au sort ? Parce que si chacun choisissait son groupe, les amateurs de choucroute iraient d'eux-mêmes vers les fermentés, avec toutes leurs autres habitudes dans la valise. En confiant la répartition au hasard, les chercheurs obtiennent deux groupes comparables au départ, si bien qu'une différence à l'arrivée a de bonnes chances de venir du régime lui-même.
Et là, les résultats divergent nettement. Dans le groupe fermentés, la diversité du microbiote a augmenté régulièrement, et 19 protéines inflammatoires mesurées dans le sang ont baissé, dont l'interleukine 6. Côté fibres, la diversité est restée stable en moyenne, aucune de ces 19 protéines n'a baissé, et les réponses variaient selon la diversité de départ. Imaginez une prise de sang au début, une autre à la fin, et dans un seul des deux groupes, 19 lignes du bilan qui baissent. Avouez que c'est surprenant : les fibres, qu'on présente partout comme le repas des bactéries, n'ont pas fait bouger la diversité sur la durée de l'essai.
La limite, maintenant, parce qu'il faut être honnête jusqu'au bout. Trente-six personnes en bonne santé, c'est une salle de classe bien remplie, et cette preuve de concept ne mesure aucun risque de maladie. Personne n'y corrigeait un déséquilibre du microbiote intestinal : c'est une piste de recherche, qui ne constitue pas une allégation de santé validée par l'EFSA. Une belle piste, tout de même.
| Essai de Stanford (Wastyk et al., 2021) | Groupe fermentés | Groupe fibres |
|---|---|---|
| Participants | Adultes en bonne santé, tirés au sort (36 au total) | Adultes en bonne santé, tirés au sort (36 au total) |
| Durée du régime | 10 semaines | 10 semaines |
| Diversité du microbiote | En hausse régulière | Stable en moyenne, variable selon la diversité de départ |
| 19 protéines inflammatoires du sang | En baisse, dont l'interleukine 6 | Aucune en baisse |
Fermenté ne veut pas dire probiotique
Encore des mots qu'on mélange volontiers. Dans un consensus publié en 2021, l'ISAPP définit les aliments fermentés comme des « aliments obtenus par une croissance microbienne voulue et des transformations enzymatiques de leurs composants » (Marco et al., 2021). La définition repose sur la fabrication, sans exiger que des micro-organismes vivants soient encore présents dans l'assiette. Le même texte distingue d'ailleurs aliments fermentés et probiotiques.
En cuisine, ça donne ceci : un légume lacto-fermenté cru n'est pas l'équivalent du même légume chauffé ensuite, même si tous deux restent, par définition, des aliments fermentés.
Et un conseil appris à mes dépens : lancez toujours une lactofermentation avec des légumes frais et sains. Avec des légumes déjà abîmés, la pourriture gagne la course, et l'on obtient une bombe puante ambulante. Testé pour vous, et je ne vous le souhaite pas.
Graines germées et algues : deux sources de diversité
Graines germées : de la variété, et de l'hygiène
Étudiant à l'ISTOM, j'avais pris un logement sans cuisine, et sans le droit d'utiliser la cuisine commune. Qu'à cela ne tienne, je me suis mis aux graines germées de façon intensive, pour avoir du frais malgré tout. J'en garde une conviction : on peut commencer sans moyens.
Côté microbiote, je préfère être clair : aucune des études retenues ici ne teste les graines germées elles-mêmes. Leur intérêt, dans cet article, tient à la diversité qu'elles ajoutent. Une pincée de radis ou de lentilles germées, et voilà des végétaux de plus dans la semaine, ceux-là mêmes que comptait l'étude American Gut (McDonald et al., 2018).
L'hygiène, en revanche, ne se discute pas. D'après un avis scientifique de l'EFSA publié en 2011, la contamination des graines sèches est la source initiale la plus probable des épidémies liées aux graines germées, et la chaleur et l'humidité de la germination permettent aux bactéries présentes de se multiplier. Les gestes qui en découlent restent simples :
- des graines destinées à la germination ;
- des rinçages à l'eau potable ;
- un germoir propre, lavé entre deux séries, même quand on est pressé ;
- une conservation au frais dès que les pousses sont prêtes, comme pour n'importe quel légume fragile.
Pour les personnes fragiles, un avis médical s'impose avant d'en consommer.
Algues : crues, en paillettes ou en bouillon
Les algues apportent autre chose, venu de la mer : des polysaccharides complexes, de longues chaînes de sucres que la recherche étudie comme prébiotiques potentiels (Cherry et al., 2019). La revue de référence sur le sujet conclut qu'il faut désormais des essais contrôlés chez l'humain. Je vous le dis tel quel, plutôt que d'aller plus vite que la science. En attendant ces essais, l'algue apporte ce qu'elle apporte déjà à table : un végétal de plus dans la semaine, et un goût iodé qui réveille une salade.
La préparation compte aussi. Pour ma part, je cuis les algues le moins possible : paillettes ajoutées hors du feu, algues réhydratées en salade ou en tartare, kombu infusée sous l'ébullition pour un bouillon. Jamais de poêlée ni de wok. Dans le cadre d'une alimentation variée et équilibrée et d'un mode de vie sain, quelques paillettes sur vos crudités suffisent à faire entrer la mer dans la semaine.
Une semaine d'assiette vivante, à votre rythme
Alors, comment améliorer son microbiote intestinal sans tout bouleverser ? Ma réponse tient en un principe : on ajoute plutôt qu'on supprime, et chacun à son rythme. Pas de grand ménage, pas de liste d'interdits. Visez d'abord la diversité, celle que mesurait l'étude American Gut (McDonald et al., 2018). Voici une semaine possible, dans le cadre d'une alimentation variée et équilibrée et d'un mode de vie sain :
- Lundi, des lentilles ou des graines de radis trempent dans un bocal ; ensuite, un rinçage chaque jour.
- Mardi, des légumes lacto-fermentés crus à côté du plat habituel.
- Des pois chiches trempés la veille, puis cuits, rejoignent la salade du mercredi.
- Jeudi : paillettes d'algues sur les carottes râpées.
- Vendredi, les premières pousses sont prêtes, et vous pouvez compter vos végétaux de la semaine, herbes comprises, juste pour voir.
- Les semaines suivantes, un deuxième fermenté dans la journée, puis un troisième.
Vous voyez, rien de sorcier. Le vrai effort tient dans la régularité : rincer les graines chaque jour et penser au bocal de fermentés. Et une semaine moins réussie ne change rien. Pensez aux bidibules, ces figurines lestées qui reviennent toujours à leur axe : on s'écarte un soir de fête, une pizza entre amis, puis on revient.
Pour tenir ce rythme, il faut des réserves de graines à germer et de légumineuses sèches. Chez Biovie, nous recommandons de les garder sous vide dans des bocaux en verre avec le kit BocUp : une cloche et une petite pompe manuelle, sans électricité ni sachet plastique. Du low tech comme je l'aime, qui s'adapte aux bocaux que vous avez déjà s'ils ont des « épaules » et un couvercle de 65 ou 84 mm.
Les aliments secs y restent à l'abri de l'humidité et des mites. Selon le fabricant, les produits frais se gardent jusqu'à 5 fois plus longtemps : une soupe de légumes maison tient 8 à 10 jours au lieu de 2, de quoi finir le lundi suivant celle du dimanche. Deux rappels tout de même : le vide ne remplace ni le réfrigérateur ni le congélateur, et il ne stérilise pas. Évitez aussi de mettre sous vide un ferment en cours : il dégage du gaz, et votre bocal se chargerait vite de vous le rappeler.
Si le sujet vous intéresse, voici comment conserver vos aliments sous vide au quotidien.
Pour approfondir avec un livre, nous avons sélectionné celui de Justine Lamboley, « Santé intestinale : retrouvez le confort digestif en 6 semaines ».
